Dans la méthode suivie par l'instit de CP chez moi, au début il y a clairement du par coeur.
Ainsi, je me souviens que la première leçon de lecture était "Tata Sara a un rat". Il est évident qu'en 2 jours d'école mes enfants ne savaient pas déchiffrer cette phrase. Derrière, il y a tout un travail en classe de décomposition et de jeux autour des syllables. Ainsi dans cette méthode de lecture, il y a des exercices de mots reprenant les syllabes vues, y compris sur des mots inventés : ex Rira, Rari, Riri, Irari etc... L'enfant reprend en par coeur "Tata Sara a un rat", tout fier de "lire" sa première phrase qui a un sens, puis travaille la décomposition sur des sons sans forcément de sens. Et cela va avec une histoire lue en classe qui donne du contexte et du sens à l'enfant : on explique qui est Tata Sara, présente les personnages du livre etc pour donner à l'enfant l'envie de lire.
La partie décomposition en syllabes est très rébarbative pour les enfants et certaines méthodes l'utilisent moins. Ils vont alors faire du "par coeur" plus souvent mais au final ils sauront tous déchiffrer.